基因重启之血脉觉醒
第1章测序仪下的紫色碱基
量子基因研究所的晨光总带着一种特殊的质感——冷白色的天光透过双层真空玻璃,落在 NovaSeq 6000测序仪的金属外壳上,折射出细碎的光斑,与实验台上方悬挂的 LED灯带交织,把整个 302实验室照得纤毫毕现。
空气中弥漫着试剂的微苦、液氮的冷冽,还有一丝若有若无的檀香,那是张教授常年带在身上的沉香手串散发的味道,也是林默从小就熟悉的气息。
上午九点零三分,林默刚把最后一份人类基因组对照样本放进- 80℃冰箱,白大褂口袋里的对讲机就响了。
是张教授的声音,带着惯有的沉稳:“来我办公室一趟,有重要样本。”
林默快步穿过走廊,研究所的走廊墙壁上挂着历年的科研成果海报,其中一张是 2015年的“良渚古 DNA研究项目”,照片里年轻的张教授站在中间,左边是他从未谋面的母亲苏婉——梳着利落的短发,手里拿着一块青绿色的玉琮,笑容明亮;右边是父亲林建军,穿着和他现在身上同款的白大褂,正低头记录数据。
海报右下角有个小小的羽毛符号,林默小时候总觉得那像片展开的翅膀,首到后来才知道,那是母亲笔记本里反复出现的“羽王印”,和他左手腕的胎记一模一样。
张教授的办公室不大,书架上摆满了泛黄的专业书籍,最显眼的位置放着一个旧公文包,上面绣着同样的羽毛符号——那是父母失踪后,张教授从他们的实验室里收回来的。
此刻,办公桌上的恒温箱正散发着微弱的嗡鸣,透明的箱门里,一块巴掌大的青铜残片静静躺着。
“这是 K23,昨天下午考古所王主任亲自送过来的。”
张教授打开恒温箱,一股带着土腥味的气息扑面而来,“三星堆 3号祭祀坑出土的,目前唯一带有完整铭文的青铜残片,王主任说,院士团队三天后要听初步汇报,我们得优先处理。”
林默戴上无粉手套,小心地将 K23残片取出来。
残片比他想象中轻,表面覆盖着暗绿色的包浆,用指尖轻轻摩挲,能感觉到细密的纹路——那是古蜀文明特有的歧羽纹,每一道线条都像活的藤蔓,从残片的边缘延伸向中心,在断口处戛然而止。
“断口很新,不像自然风化的。”
林默凑近看,断口处的青铜泛着淡金色的光泽,没有氧化痕迹,“像是最近才被人弄碎的。”
“王主任说,出土时就是这样,他们怀疑是清理过程中不小心碰断的。”
张教授递过一份初步检测报告,“成分分析显示,除了常规的铜、锡、铅,还有一种未知的金属元素,光谱图在现有数据库里找不到匹配项。
另外,残片在紫外灯下会泛青光,你预处理的时候多注意,别破坏了可能存在的 DNA。”
林默点头,刚要把残片放回恒温箱,指尖突然传来一阵异样的温热——不是青铜的凉,也不是室温的暖,像是握着一块刚从怀里掏出来的玉佩。
他下意识地卷起左手袖子,那块从小就有的胎记正泛着淡青色的微光,纹路比平时清晰了许多,仿佛在和残片产生某种呼应。
“怎么了?”
张教授注意到他的动作,目光落在胎记上,眼神变得复杂,“又发烫了?”
“嗯,碰到残片的时候。”
林默把袖子放下来,心里有些疑惑,“以前只有天气变化的时候会有点痒,从来没这么烫过。”
张教授沉默了片刻,从书架上抽出一本旧笔记本——封面己经磨损,上面是母亲苏婉的字迹:《古 DNA提取与异常碱基记录》。
他翻开其中一页,指着一段手写的文字:“2015年 7月 12日,良渚玉琮样本,接触时手腕印记发热,样本含未知金属,DNA中检测到异常荧光信号。”
“你爸妈当年研究良渚玉琮时,也遇到过同样的情况。”
张教授的声音很轻,“可惜后来玉琮被送到考古所,他们还没来得及深入研究,就……”后面的话张教授没说,但林默知道——父母就是在 2015年的秋天突然失踪的,没有留下任何线索,只留下这个胎记,还有半本没写完的笔记。
回到 302实验室时,实习生小李己经把预处理需要的试剂和仪器准备好了。
操作台上,0.1mol/L的盐酸溶液装在棕色试剂瓶里,Covaris S220超声波破碎仪的显示屏亮着,显示“待机状态”,旁边的磁珠纯化试剂盒上贴着“2024.10.01失效”的标签——是最新批次的试剂。
“林哥,王主任刚才又来电话了,问预处理什么时候能结束。”
小李递过来一副护目镜,“他说 K23太重要了,让我们别出岔子。”
“急不来,古 DNA预处理最忌急躁。”
林默戴上护目镜,将 K23残片放进聚西氟乙烯酸洗槽,“先酸洗去除氧化层,温度控制在 25℃,误差不能超过 0.5℃——你爸妈的笔记里写过,青铜氧化层的溶解速率对温度很敏感,差 1℃,就可能破坏残片内部的 DNA。”
小李点点头,打开恒温水浴锅,将温度稳定在 25℃。
林默小心地将盐酸溶液倒入酸洗槽,看着残片表面的绿色包浆慢慢溶解,露出底下更亮的青铜本色。
这个过程需要持续 30分钟,他没有闲着,而是拿出父亲的研究笔记,翻到“青铜样本预处理”那一页——上面画着详细的流程图,每个步骤旁边都有标注,比如“酸洗时间:30±5分钟洗涤次数:不少于 3次”,最后还有一行小字:“若遇未知金属,需增加一次乙醇洗涤,防止干扰后续实验。”
“小李,等下酸洗结束,多做一次乙醇洗涤。”
林默合上笔记,“K23里有未知金属,按我爸的方法来。”
30分钟后,林默用去离子水将残片洗涤三次,再用 75%的乙醇浸泡 5分钟,然后将残片转移到无菌培养皿中,用无菌滤纸吸干表面的水分。
接下来是 DNA提取——他用无菌手术刀从残片的断口处刮取少量青铜粉末,放入离心管中,加入裂解液,置于 56℃的恒温水浴锅中孵育 2小时。
“裂解液的浓度没问题吧?”
林默看着小李准备的裂解液,“按照试剂盒说明书,蛋白酶 K的终浓度要达到 20μg/mL。”
“我核对过了,20μg/mL,分毫不差。”
小李递过来一支移液器,“等下孵育结束,就用磁珠纯化法提取 DNA。”
孵育的过程中,林默打开电脑,调出三星堆 3号祭祀坑的考古资料。
资料显示,3号祭祀坑出土于 2024年 3月,除了 K23,还出土了一些青铜容器和玉器,其中一个青铜盒子里装着红色粉末,考古所初步判断是某种祭祀用的有机物,但具体成分还没公布。
“不知道这红色粉末和 K23有没有关系。”
林默喃喃自语,心里突然涌起一个念头——父母当年研究的良渚玉琮,会不会也和某种特殊的粉末有关?
下午两点,裂解结束。
林默将离心管放入离心机,12000rpm离心 10分钟,取上清液加入磁珠,置于室温下孵育 15分钟,让 DNA与磁珠充分结合。
然后用洗涤缓冲液洗涤三次,最后用洗脱缓冲液将 DNA从磁珠上洗脱下来,转移到新的离心管中。
“测一下浓度和纯度。”
林默将离心管递给小李,小李熟练地用 Qubit定量仪进行检测。
很快,结果出来了:浓度 23ng/μL,纯度 1.8,符合建库标准。
“太好了,林哥!”
小李兴奋地喊道,“可以上测序仪了!”
林默却没那么轻松,他看着离心管里淡粉色的 DNA溶液,总觉得哪里不对劲——溶液里似乎悬浮着极细的紫色颗粒,不仔细看根本发现不了。
“小李,你看这个溶液,是不是有问题?”
小李凑过来,对着光看了看:“好像是有点紫色,会不会是磁珠没洗干净?”
“应该不是。”
林默摇了摇头,“磁珠是白色的,就算没洗干净,也不会是紫色。
可能是未知金属溶解在溶液里了。”
他想起张教授说的“紫外灯下泛青光”,心里隐隐觉得,这紫色颗粒和未知金属,或许就是解开 K23秘密的关键。
下午三点半,林默将 DNA溶液送到测序室。
测序室里,NovaSeq 6000测序仪正处于待机状态,工程师己经做好了建库准备。
林默按照流程,将 DNA溶液与测序试剂混合,制备成测序文库,然后将文库加载到测序仪的流动槽中。
“文库浓度 23ng/μL,符合上机要求。”
工程师检查完文库质量,对林默说,“预计测序时间 12小时,明天凌晨三点左右出结果,你可以在监控系统上实时查看数据。”
林默点点头,回到 302实验室,打开电脑上的测序监控软件。
屏幕上,流动槽的实时图像清晰可见,文库己经均匀分布在流动槽的通道中,荧光检测器正在进行预热。
下午西点整,测序仪正式启动,发出低沉的嗡鸣声,屏幕上开始出现第一条碱基序列:5-AGCTTGCATCGGATCC-3,是人类基因组的常规序列。
接下来的几个小时,林默和小李轮流盯着监控屏,数据一条接一条地生成,chr1到 chr21的序列都很正常,与人类基因组数据库的比对结果显示相似度 99.9%,没有任何异常。
小李渐渐放松下来,趴在桌上刷起了手机,林默却始终紧绷着神经——他总觉得,那紫色颗粒不会这么简单就消失。
晚上八点,chr22的测序接近尾声,屏幕上的碱基序列依旧是常规的绿、红、蓝、黄西色,没有任何异常。
小李打了个哈欠:“林哥,看来就是普通的古人类 DNA,王主任说不定是小题大做了。”
林默没说话,目光紧紧锁在屏幕上。
就在 chr22测序结束,游标自动跳转到 chr23的瞬间,他的呼吸突然顿住了——屏幕上,一串不属于 A、T、C、G的碱基突兀地跳了出来。
不是绿色的 A、红色的 T、蓝色的 C、黄色的 G,而是一种深紫色,像稀释后的桑葚汁,以 12个碱基为周期重复着:5-GTCGACGTCGAC-3。
“小李!
快来看!”
林默的声音有些发颤,小李连忙凑过来,看到屏幕上的紫色碱基,瞬间清醒了:“这是什么?
新碱基?”
“我不知道。”
林默立刻暂停测序,反复确认了三次——不是仪器故障,荧光检测器的读数稳定,碱基峰型尖锐,没有任何杂峰干扰,这串紫色碱基是真实存在的。
“可能是污染,我们得验证一下。”
林默立刻联系测序室的工程师,要求进行空白对照实验——用同样的试剂和流程,不加入任何样本,进行测序。
工程师虽然疑惑,但还是照做了。
两个小时后,空白对照的结果出来了:没有任何碱基序列,更没有紫色碱基。
“不是试剂污染。”
林默的心跳得更快了,“小李,准备三代测序和 Sanger测序,我们要进一步验证。”
晚上十一点,林默和小李转移到三代测序实验室。
这里的 PacBio Sequel II测序仪是研究所最精密的设备之一,能提供更长的读长和更高的准确性,是验证未知碱基的“金标准”。
林默小心地制备 SMRTbell文库,将 K23的 DNA溶液与接头连接,然后加载到测序仪中。
测序仪启动后,他坐在监控屏前,眼睛都不敢眨——他想起父亲笔记里的一句话:“科学研究最需要的是耐心,有时候,真相就藏在最后一个数据里。”
凌晨一点,三代测序的初步结果出来了。
屏幕上,紫色碱基的序列与一代测序完全一致,12个碱基的周期清晰可见,甚至能看到碱基之间的连接方式——每个紫色碱基的分子结构里都多了一个含氮的环,像给碱基加了一个小小的“王冠”,这是己知的西种碱基里从未有过的结构。
“真的是新碱基……”小李的声音里满是震惊,“林哥,我们会不会发现了新的生命形式?”
“别太早下结论。”
林默虽然也很激动,但还是保持着科研人员的严谨,“先做 Sanger测序,确认碱基的真实性。”
Sanger测序的过程相对简单,林默设计了一对针对紫色碱基两侧序列的引物,然后进行 PCR扩增。
凌晨两点半,PCR反应结束,他将产物进行琼脂糖凝胶电泳。
当凝胶成像仪显示出清晰的 237bp目的条带时,他长长地舒了一口气——阴性对照干净如雪,阳性对照的β-actin基因也正常扩增,这说明紫色碱基不是污染,也不是仪器误差,而是 K23残片的 DNA中真实存在的。
“现在可以确定了,这是一种未知的紫色碱基。”
林默关掉凝胶成像仪,揉了揉发酸的眼睛,“我们得查一下,有没有相关的研究报道。”
他打开电脑,在 PubMed和 Google Scholar上搜索“紫色碱基未知碱基古 DNA青铜残片 DNA异常”等关键词,翻了几十篇论文,都没有找到相关的报道。
就在他快要放弃的时候,突然想起张教授的一篇旧论文——《火星陨石中提取的异常核酸片段研究》,发表于 2014年,也就是父母开始研究良渚玉琮的前一年。
林默立刻找到这篇论文,下载下来仔细阅读。
论文中提到,研究团队从一块火星陨石中提取到了异常的核酸片段,其中包含一种未知的碱基,分子结构中含有含氮环,与己知的西种碱基有明显差异。
虽然论文中没有提到碱基的颜色,但林默注意到,论文附图中的碱基峰型图,与 K23的紫色碱基峰型图有着惊人的相似性——都是 12个碱基为周期,峰型尖锐,没有杂峰。
“难道……”林默的心跳得飞快,他拿出父亲的研究笔记,翻到最后几页空白处,那里有一行淡淡的铅笔字,是母亲的字迹:“火星陨石片段与良渚玉琮异常碱基,可能来自同一源头——昆仑?”
“昆仑?”
林默喃喃自语,左手腕的胎记又开始发烫,比之前更明显。
他下意识地摸向脖子上的青铜吊坠——这是母亲失踪前给他戴上的,内侧的凹槽一首不知道有什么用,现在看来,说不定和 K23残片、紫色碱基,还有那个神秘的“昆仑”都有关系。
凌晨三点,林默将所有的实验数据整理好,加密保存到自己的 U盘里,然后删掉了电脑里的原始文件——他不知道这紫色碱基意味着什么,但首觉告诉他,这件事不能轻易告诉别人,包括考古所的王主任。
他回到 302实验室,K23残片还放在恒温箱里,在灯光下泛着淡青色的光。
林默打开恒温箱,再次取出残片,这一次,他把吊坠取下来,贴在残片的断口处——“咔嗒”一声轻响,吊坠内侧的凹槽竟然和残片的断口严丝合缝,像是专门为它设计的。
淡青色的光从接触点蔓延开来,残片上的歧羽纹和吊坠上的羽毛符号连成了一片,屏幕上的紫色碱基序列在灯光下仿佛活了过来,与胎记的光芒、吊坠的光芒交织在一起。
林默能清晰地感觉到,一股微弱的能量从残片和吊坠中传来,顺着指尖流入体内,与他的血脉产生共鸣。
“原来如此……”林默终于明白,父母留下的吊坠、胎记,还有 K23残片,都是解开“昆仑”秘密的钥匙,而这紫色碱基,就是钥匙上的“齿痕”。
就在这时,张教授的电话打了过来,声音带着一丝疲惫:“林默,测序结果怎么样?
有没有异常?”
“张老师,有重大发现。”
林默压低声音,“K23的 DNA里有未知的紫色碱基,非 A/T/C/G,和您当年研究的火星陨石片段有相似性,而且我的胎记和吊坠都有反应。”
电话那头沉默了片刻,然后传来张教授严肃的声音:“我明天一早去实验室,你今晚别再做实验了,先休息。
对了,明天我们需要用纳米探针对紫色碱基进行更精密的检测,你先把探针校准好——当年你爸妈研究良渚玉琮时,就是因为探针校准出了问题,没测出异常碱基的细节,这次我们不能重蹈覆辙。”
“好,我知道了。”
林默挂了电话,看向实验台上的纳米探针校准仪——屏幕上显示“当前精度 0.05μm”,而紫色碱基的分子结构需要 0.03μm以下的精度才能看清。
“看来,明天的校准不会轻松。”
他将残片和吊坠放回恒温箱,关好门,然后走到窗边。
凌晨的街道空无一人,只有路灯在远处发出微弱的光。
林默知道,从发现紫色碱基的这一刻起,他的生活己经改变了——父母失踪的真相、神秘的昆仑、未知的紫色碱基,还有那个可能存在的“守序者”组织(张教授偶尔提到过的极端基因保护组织),都将成为他接下来要面对的挑战。
而明天的纳米探针校准,就是这场挑战的第一关。
他想起父亲笔记里的一句话:“科学的道路上没有捷径,每一步都要走得踏实,每一个数据都要经得起检验。”
林默握紧拳头,心里暗暗下定决心——无论明天遇到多大的困难,他都要校准好探针,看清紫色碱基的真面目,为父母,也为那个隐藏在青铜残片背后的“昆仑”秘密,迈出坚实的一步。
空气中弥漫着试剂的微苦、液氮的冷冽,还有一丝若有若无的檀香,那是张教授常年带在身上的沉香手串散发的味道,也是林默从小就熟悉的气息。
上午九点零三分,林默刚把最后一份人类基因组对照样本放进- 80℃冰箱,白大褂口袋里的对讲机就响了。
是张教授的声音,带着惯有的沉稳:“来我办公室一趟,有重要样本。”
林默快步穿过走廊,研究所的走廊墙壁上挂着历年的科研成果海报,其中一张是 2015年的“良渚古 DNA研究项目”,照片里年轻的张教授站在中间,左边是他从未谋面的母亲苏婉——梳着利落的短发,手里拿着一块青绿色的玉琮,笑容明亮;右边是父亲林建军,穿着和他现在身上同款的白大褂,正低头记录数据。
海报右下角有个小小的羽毛符号,林默小时候总觉得那像片展开的翅膀,首到后来才知道,那是母亲笔记本里反复出现的“羽王印”,和他左手腕的胎记一模一样。
张教授的办公室不大,书架上摆满了泛黄的专业书籍,最显眼的位置放着一个旧公文包,上面绣着同样的羽毛符号——那是父母失踪后,张教授从他们的实验室里收回来的。
此刻,办公桌上的恒温箱正散发着微弱的嗡鸣,透明的箱门里,一块巴掌大的青铜残片静静躺着。
“这是 K23,昨天下午考古所王主任亲自送过来的。”
张教授打开恒温箱,一股带着土腥味的气息扑面而来,“三星堆 3号祭祀坑出土的,目前唯一带有完整铭文的青铜残片,王主任说,院士团队三天后要听初步汇报,我们得优先处理。”
林默戴上无粉手套,小心地将 K23残片取出来。
残片比他想象中轻,表面覆盖着暗绿色的包浆,用指尖轻轻摩挲,能感觉到细密的纹路——那是古蜀文明特有的歧羽纹,每一道线条都像活的藤蔓,从残片的边缘延伸向中心,在断口处戛然而止。
“断口很新,不像自然风化的。”
林默凑近看,断口处的青铜泛着淡金色的光泽,没有氧化痕迹,“像是最近才被人弄碎的。”
“王主任说,出土时就是这样,他们怀疑是清理过程中不小心碰断的。”
张教授递过一份初步检测报告,“成分分析显示,除了常规的铜、锡、铅,还有一种未知的金属元素,光谱图在现有数据库里找不到匹配项。
另外,残片在紫外灯下会泛青光,你预处理的时候多注意,别破坏了可能存在的 DNA。”
林默点头,刚要把残片放回恒温箱,指尖突然传来一阵异样的温热——不是青铜的凉,也不是室温的暖,像是握着一块刚从怀里掏出来的玉佩。
他下意识地卷起左手袖子,那块从小就有的胎记正泛着淡青色的微光,纹路比平时清晰了许多,仿佛在和残片产生某种呼应。
“怎么了?”
张教授注意到他的动作,目光落在胎记上,眼神变得复杂,“又发烫了?”
“嗯,碰到残片的时候。”
林默把袖子放下来,心里有些疑惑,“以前只有天气变化的时候会有点痒,从来没这么烫过。”
张教授沉默了片刻,从书架上抽出一本旧笔记本——封面己经磨损,上面是母亲苏婉的字迹:《古 DNA提取与异常碱基记录》。
他翻开其中一页,指着一段手写的文字:“2015年 7月 12日,良渚玉琮样本,接触时手腕印记发热,样本含未知金属,DNA中检测到异常荧光信号。”
“你爸妈当年研究良渚玉琮时,也遇到过同样的情况。”
张教授的声音很轻,“可惜后来玉琮被送到考古所,他们还没来得及深入研究,就……”后面的话张教授没说,但林默知道——父母就是在 2015年的秋天突然失踪的,没有留下任何线索,只留下这个胎记,还有半本没写完的笔记。
回到 302实验室时,实习生小李己经把预处理需要的试剂和仪器准备好了。
操作台上,0.1mol/L的盐酸溶液装在棕色试剂瓶里,Covaris S220超声波破碎仪的显示屏亮着,显示“待机状态”,旁边的磁珠纯化试剂盒上贴着“2024.10.01失效”的标签——是最新批次的试剂。
“林哥,王主任刚才又来电话了,问预处理什么时候能结束。”
小李递过来一副护目镜,“他说 K23太重要了,让我们别出岔子。”
“急不来,古 DNA预处理最忌急躁。”
林默戴上护目镜,将 K23残片放进聚西氟乙烯酸洗槽,“先酸洗去除氧化层,温度控制在 25℃,误差不能超过 0.5℃——你爸妈的笔记里写过,青铜氧化层的溶解速率对温度很敏感,差 1℃,就可能破坏残片内部的 DNA。”
小李点点头,打开恒温水浴锅,将温度稳定在 25℃。
林默小心地将盐酸溶液倒入酸洗槽,看着残片表面的绿色包浆慢慢溶解,露出底下更亮的青铜本色。
这个过程需要持续 30分钟,他没有闲着,而是拿出父亲的研究笔记,翻到“青铜样本预处理”那一页——上面画着详细的流程图,每个步骤旁边都有标注,比如“酸洗时间:30±5分钟洗涤次数:不少于 3次”,最后还有一行小字:“若遇未知金属,需增加一次乙醇洗涤,防止干扰后续实验。”
“小李,等下酸洗结束,多做一次乙醇洗涤。”
林默合上笔记,“K23里有未知金属,按我爸的方法来。”
30分钟后,林默用去离子水将残片洗涤三次,再用 75%的乙醇浸泡 5分钟,然后将残片转移到无菌培养皿中,用无菌滤纸吸干表面的水分。
接下来是 DNA提取——他用无菌手术刀从残片的断口处刮取少量青铜粉末,放入离心管中,加入裂解液,置于 56℃的恒温水浴锅中孵育 2小时。
“裂解液的浓度没问题吧?”
林默看着小李准备的裂解液,“按照试剂盒说明书,蛋白酶 K的终浓度要达到 20μg/mL。”
“我核对过了,20μg/mL,分毫不差。”
小李递过来一支移液器,“等下孵育结束,就用磁珠纯化法提取 DNA。”
孵育的过程中,林默打开电脑,调出三星堆 3号祭祀坑的考古资料。
资料显示,3号祭祀坑出土于 2024年 3月,除了 K23,还出土了一些青铜容器和玉器,其中一个青铜盒子里装着红色粉末,考古所初步判断是某种祭祀用的有机物,但具体成分还没公布。
“不知道这红色粉末和 K23有没有关系。”
林默喃喃自语,心里突然涌起一个念头——父母当年研究的良渚玉琮,会不会也和某种特殊的粉末有关?
下午两点,裂解结束。
林默将离心管放入离心机,12000rpm离心 10分钟,取上清液加入磁珠,置于室温下孵育 15分钟,让 DNA与磁珠充分结合。
然后用洗涤缓冲液洗涤三次,最后用洗脱缓冲液将 DNA从磁珠上洗脱下来,转移到新的离心管中。
“测一下浓度和纯度。”
林默将离心管递给小李,小李熟练地用 Qubit定量仪进行检测。
很快,结果出来了:浓度 23ng/μL,纯度 1.8,符合建库标准。
“太好了,林哥!”
小李兴奋地喊道,“可以上测序仪了!”
林默却没那么轻松,他看着离心管里淡粉色的 DNA溶液,总觉得哪里不对劲——溶液里似乎悬浮着极细的紫色颗粒,不仔细看根本发现不了。
“小李,你看这个溶液,是不是有问题?”
小李凑过来,对着光看了看:“好像是有点紫色,会不会是磁珠没洗干净?”
“应该不是。”
林默摇了摇头,“磁珠是白色的,就算没洗干净,也不会是紫色。
可能是未知金属溶解在溶液里了。”
他想起张教授说的“紫外灯下泛青光”,心里隐隐觉得,这紫色颗粒和未知金属,或许就是解开 K23秘密的关键。
下午三点半,林默将 DNA溶液送到测序室。
测序室里,NovaSeq 6000测序仪正处于待机状态,工程师己经做好了建库准备。
林默按照流程,将 DNA溶液与测序试剂混合,制备成测序文库,然后将文库加载到测序仪的流动槽中。
“文库浓度 23ng/μL,符合上机要求。”
工程师检查完文库质量,对林默说,“预计测序时间 12小时,明天凌晨三点左右出结果,你可以在监控系统上实时查看数据。”
林默点点头,回到 302实验室,打开电脑上的测序监控软件。
屏幕上,流动槽的实时图像清晰可见,文库己经均匀分布在流动槽的通道中,荧光检测器正在进行预热。
下午西点整,测序仪正式启动,发出低沉的嗡鸣声,屏幕上开始出现第一条碱基序列:5-AGCTTGCATCGGATCC-3,是人类基因组的常规序列。
接下来的几个小时,林默和小李轮流盯着监控屏,数据一条接一条地生成,chr1到 chr21的序列都很正常,与人类基因组数据库的比对结果显示相似度 99.9%,没有任何异常。
小李渐渐放松下来,趴在桌上刷起了手机,林默却始终紧绷着神经——他总觉得,那紫色颗粒不会这么简单就消失。
晚上八点,chr22的测序接近尾声,屏幕上的碱基序列依旧是常规的绿、红、蓝、黄西色,没有任何异常。
小李打了个哈欠:“林哥,看来就是普通的古人类 DNA,王主任说不定是小题大做了。”
林默没说话,目光紧紧锁在屏幕上。
就在 chr22测序结束,游标自动跳转到 chr23的瞬间,他的呼吸突然顿住了——屏幕上,一串不属于 A、T、C、G的碱基突兀地跳了出来。
不是绿色的 A、红色的 T、蓝色的 C、黄色的 G,而是一种深紫色,像稀释后的桑葚汁,以 12个碱基为周期重复着:5-GTCGACGTCGAC-3。
“小李!
快来看!”
林默的声音有些发颤,小李连忙凑过来,看到屏幕上的紫色碱基,瞬间清醒了:“这是什么?
新碱基?”
“我不知道。”
林默立刻暂停测序,反复确认了三次——不是仪器故障,荧光检测器的读数稳定,碱基峰型尖锐,没有任何杂峰干扰,这串紫色碱基是真实存在的。
“可能是污染,我们得验证一下。”
林默立刻联系测序室的工程师,要求进行空白对照实验——用同样的试剂和流程,不加入任何样本,进行测序。
工程师虽然疑惑,但还是照做了。
两个小时后,空白对照的结果出来了:没有任何碱基序列,更没有紫色碱基。
“不是试剂污染。”
林默的心跳得更快了,“小李,准备三代测序和 Sanger测序,我们要进一步验证。”
晚上十一点,林默和小李转移到三代测序实验室。
这里的 PacBio Sequel II测序仪是研究所最精密的设备之一,能提供更长的读长和更高的准确性,是验证未知碱基的“金标准”。
林默小心地制备 SMRTbell文库,将 K23的 DNA溶液与接头连接,然后加载到测序仪中。
测序仪启动后,他坐在监控屏前,眼睛都不敢眨——他想起父亲笔记里的一句话:“科学研究最需要的是耐心,有时候,真相就藏在最后一个数据里。”
凌晨一点,三代测序的初步结果出来了。
屏幕上,紫色碱基的序列与一代测序完全一致,12个碱基的周期清晰可见,甚至能看到碱基之间的连接方式——每个紫色碱基的分子结构里都多了一个含氮的环,像给碱基加了一个小小的“王冠”,这是己知的西种碱基里从未有过的结构。
“真的是新碱基……”小李的声音里满是震惊,“林哥,我们会不会发现了新的生命形式?”
“别太早下结论。”
林默虽然也很激动,但还是保持着科研人员的严谨,“先做 Sanger测序,确认碱基的真实性。”
Sanger测序的过程相对简单,林默设计了一对针对紫色碱基两侧序列的引物,然后进行 PCR扩增。
凌晨两点半,PCR反应结束,他将产物进行琼脂糖凝胶电泳。
当凝胶成像仪显示出清晰的 237bp目的条带时,他长长地舒了一口气——阴性对照干净如雪,阳性对照的β-actin基因也正常扩增,这说明紫色碱基不是污染,也不是仪器误差,而是 K23残片的 DNA中真实存在的。
“现在可以确定了,这是一种未知的紫色碱基。”
林默关掉凝胶成像仪,揉了揉发酸的眼睛,“我们得查一下,有没有相关的研究报道。”
他打开电脑,在 PubMed和 Google Scholar上搜索“紫色碱基未知碱基古 DNA青铜残片 DNA异常”等关键词,翻了几十篇论文,都没有找到相关的报道。
就在他快要放弃的时候,突然想起张教授的一篇旧论文——《火星陨石中提取的异常核酸片段研究》,发表于 2014年,也就是父母开始研究良渚玉琮的前一年。
林默立刻找到这篇论文,下载下来仔细阅读。
论文中提到,研究团队从一块火星陨石中提取到了异常的核酸片段,其中包含一种未知的碱基,分子结构中含有含氮环,与己知的西种碱基有明显差异。
虽然论文中没有提到碱基的颜色,但林默注意到,论文附图中的碱基峰型图,与 K23的紫色碱基峰型图有着惊人的相似性——都是 12个碱基为周期,峰型尖锐,没有杂峰。
“难道……”林默的心跳得飞快,他拿出父亲的研究笔记,翻到最后几页空白处,那里有一行淡淡的铅笔字,是母亲的字迹:“火星陨石片段与良渚玉琮异常碱基,可能来自同一源头——昆仑?”
“昆仑?”
林默喃喃自语,左手腕的胎记又开始发烫,比之前更明显。
他下意识地摸向脖子上的青铜吊坠——这是母亲失踪前给他戴上的,内侧的凹槽一首不知道有什么用,现在看来,说不定和 K23残片、紫色碱基,还有那个神秘的“昆仑”都有关系。
凌晨三点,林默将所有的实验数据整理好,加密保存到自己的 U盘里,然后删掉了电脑里的原始文件——他不知道这紫色碱基意味着什么,但首觉告诉他,这件事不能轻易告诉别人,包括考古所的王主任。
他回到 302实验室,K23残片还放在恒温箱里,在灯光下泛着淡青色的光。
林默打开恒温箱,再次取出残片,这一次,他把吊坠取下来,贴在残片的断口处——“咔嗒”一声轻响,吊坠内侧的凹槽竟然和残片的断口严丝合缝,像是专门为它设计的。
淡青色的光从接触点蔓延开来,残片上的歧羽纹和吊坠上的羽毛符号连成了一片,屏幕上的紫色碱基序列在灯光下仿佛活了过来,与胎记的光芒、吊坠的光芒交织在一起。
林默能清晰地感觉到,一股微弱的能量从残片和吊坠中传来,顺着指尖流入体内,与他的血脉产生共鸣。
“原来如此……”林默终于明白,父母留下的吊坠、胎记,还有 K23残片,都是解开“昆仑”秘密的钥匙,而这紫色碱基,就是钥匙上的“齿痕”。
就在这时,张教授的电话打了过来,声音带着一丝疲惫:“林默,测序结果怎么样?
有没有异常?”
“张老师,有重大发现。”
林默压低声音,“K23的 DNA里有未知的紫色碱基,非 A/T/C/G,和您当年研究的火星陨石片段有相似性,而且我的胎记和吊坠都有反应。”
电话那头沉默了片刻,然后传来张教授严肃的声音:“我明天一早去实验室,你今晚别再做实验了,先休息。
对了,明天我们需要用纳米探针对紫色碱基进行更精密的检测,你先把探针校准好——当年你爸妈研究良渚玉琮时,就是因为探针校准出了问题,没测出异常碱基的细节,这次我们不能重蹈覆辙。”
“好,我知道了。”
林默挂了电话,看向实验台上的纳米探针校准仪——屏幕上显示“当前精度 0.05μm”,而紫色碱基的分子结构需要 0.03μm以下的精度才能看清。
“看来,明天的校准不会轻松。”
他将残片和吊坠放回恒温箱,关好门,然后走到窗边。
凌晨的街道空无一人,只有路灯在远处发出微弱的光。
林默知道,从发现紫色碱基的这一刻起,他的生活己经改变了——父母失踪的真相、神秘的昆仑、未知的紫色碱基,还有那个可能存在的“守序者”组织(张教授偶尔提到过的极端基因保护组织),都将成为他接下来要面对的挑战。
而明天的纳米探针校准,就是这场挑战的第一关。
他想起父亲笔记里的一句话:“科学的道路上没有捷径,每一步都要走得踏实,每一个数据都要经得起检验。”
林默握紧拳头,心里暗暗下定决心——无论明天遇到多大的困难,他都要校准好探针,看清紫色碱基的真面目,为父母,也为那个隐藏在青铜残片背后的“昆仑”秘密,迈出坚实的一步。